Valeriana tuberosa es rara en pastos pedredosos sometidos a crioturbación, generalmente en lugares venteados sobre cantiles calizos en la vertiente mediterránea del País Vasco. Los autores del "Atlas de la flora vascular silvestre de Burgos" la herborizaron en el municipio de Valle de Losa, Barriga, 30TVN8857, 700 m.
Se desconocía su presencia en la parte vasca de Sierra Sálvada. Encontré una pequeña población en una ladera orientada al sur de Sierra Sálvada, en el municipio de Aiara (Araba), el 11 de mayo de 2021.
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