El Topillo de los Pirineos (Microtus gerbeii) se parece mucho al Topillo lusitano. En animales muertos y en los restos que aparecen en egagrópilas es fácil distinguirlos mediante el análisis de los ángulos internos del tercer molar superior, pero esto no puede realizarse en animales vivos. Solo algunos rasgos permiten distinguirlos: las orejas del Topillo de los Pirineos no son visibles porque quedan cubiertas por el pelaje, mientras que en el Topillo lusitano sobresalen ligeramente entre el pelaje, que es rojizo en las partes superiores del Topillo de los Pirineos, mientras que en muchos ejemplares de Topillo lusitano es de color pardo, aunque también los hay con pelaje de color rojizo. Las partes inferiores del Topillo de los Pirineos son de un color más oscuro que las del Topillo lusitano.
Véase nuestro artículo "Nota sobre la alimentación de la Lechuza común en dos zonas de Vizcaya", publicado en el año 1993 en la revista Estudios del Museo de Ciencias Naturales de Álava, referido al análisis de egagrópilas recogidas en el municipio de Orduña y en otros municipios vizcaínos. La especie aparece bajo el nombre de Pitymys pyrenaicus.
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